L’eredità lasciata a Bologna e dintorni da Luigi Fantini è veramente notevole. Ne troviamo tracce nel Museo Civico Archeologico di Bologna dove operò come dipendente per tanto tempo. E poi nel Museo Archeologico Fantini di Monterenzio, ma anche nella Casa Fantini in Val di Zena. La sua abitazione infatti è diventata punto di incontro per le visite guidate alla grotta, a San Lazzaro, dove c’è anche il Museo della Preistoria Luigi Donini che deve a Fantini alcuni dei suoi reperti.
Senza dimenticare il Museo dei botroidi a Tazzola, nel comune di Pianoro, dove in una antica ex stalla, è stato allestito un percorso espositivo che comprende la raccolta di botroidi di Fantini (forme particolari di sabbie conglutinate che ricordano piccole statuette), materiali paleololitici, fossili.